国民党“立委”陈玉珍表示，民进党把大陆当成敌对方，一直口出恶言，又希望大陆买台湾的东西，又不让人家的东西进入台湾，“在贸易上彼此应该互相让利，世界上没有两个贸易实体，只有单方面让利”。厦门大学台湾研究中心副主任唐永红直言“早该如此了”，民进党搞“台独”，使两岸之间的主要矛盾性质发生变化，从内部矛盾演变为敌我矛盾。大陆惠台政策取向因此失去“中国人要帮中国人”的政治基础与前提条件。

台湾《中国时报》13日称，这次的贸易壁垒调查标志着大陆对台经贸一改过去的优惠让利，转而强调“公事公办”。《联合报》称，北京对台反制的工具箱里如今多了一个选项，一旦北京决定对台湾产品实施反制，恐怕岛内许多农工企业都会受到冲击。无论如何，台湾都要开始面对两岸间不公平贸易的现实了。

香港中评社称，解放军刚在本月8日至10日举行环台军演，震慑“台独”，现在大陆在经济领域的反制也开始了，对此，网上支持、叫好者不少。有人说，过去看在两岸同胞的情面上，大陆给予台湾很多优惠，长期默许台湾巨额贸易顺差，但是台湾方面却拿着这些钱买美国军火，谋求“以武拒统”，这种事不该再惯着了。文章认为，对台发起贸易壁垒调查，无疑是一个风向标，大陆不可能继续无节制地单方面让利。