关于调查结束后的结果，岛内有诸多猜测。《联合报》13日分析称，从处理程序看，目前大陆是由商务部启动调查，尚未诉诸WTO（世界贸易组织）等国际组织。一般来说，调查后续可能会有三种走向：一是大陆启动与争端方的磋商，由两岸相关主管机关进行协商，“但依目前的两岸关系，这种走向的可能性极低”；二是把调查结果提交至WTO，但大陆一直尽可能避免让两岸贸易争端进一步升级，这种发展的可能性应该也较低；三是对台实施反制，进一步限制台湾产品进口，而且若是大陆要求“对等反制”，此次台湾产品受影响面恐比以往要大得多。

台湾“中华农企发展协会”副秘书长林裕纮表示，现在大陆开始统计受贸易壁垒影响的货品种类与金额，之后如果上到WTO的争端解决机制，严重违反WTO贸易规则的台湾在仲裁下一定会输，“当MW0规定被拿掉后，有些产业和农业品项可能被单方面碾压”。

台湾逢甲大学国贸系教授杨明宪称，两岸都是WTO会员，按照规则要有互惠的待遇，且不得有任何贸易歧视，台湾对大陆农产品的诸多限制是不符合WTO规则的。他说，任何贸易都应该回到市场机制，不能一再依赖当局的补助和对岸的让利，台湾应该把贸易导向摆正，而不是整天担心让利可能被取消。

“没有两个贸易实体，只有单方面让利”

调查启动后，民进党当局的态度似乎有所软化。台“经济部国贸局”12日称，目前的大陆物品进口规定是依据1993年4月“台湾地区与大陆地区贸易许可办法”制定的，“国贸局”每两个月召开审查会，基于岛内需求，已准许9835项大陆农工产品进口。考虑到两岸的经济条件与结构不同，“若有需要，我方愿意在不设前提的情况下，就贸易议题与对岸磋商讨论”。