由于令出多门，在作战时，将领们往往会陷入两难之境。其实不仅是吴襄这种高级将领，普通军士们的惶惑一点不少。崇祯八年，登莱巡抚陈应元的奏本提到，其本镇士兵共计一万一千，却有十名将官、十位中军，外加二十名千总和四十名把总。理论上，这些将官中即使是最小的把总，也有着统领四百四十人的权利，更不要说在其之上的千总、中军、将官之类的官职了。

之所以会出现这种兵少将多的状况，是因为当时朝廷习惯于以新军代替不敷使用的旧营官兵。一旦原有军队因为士气、人数等原因无法遇敌，各级官员总是更倾向于建立新的部队。而旧部队里的将官显然也不好裁撤，这就导致将官越积越多，却不堪大用。

和明朝部队种种混乱不堪的情况不同，当时的清军，在军队的管理上无疑更加有序。而这则得益于努尔哈赤所建立的八旗制度。八旗制度的雏形最早可以追溯到女真早期的牛录制。“牛录”一词本身是满文的音译，它最早指代女真猎人中的十夫长。

这些牛录除了射术精湛外，往往还会负责部署安排其他猎人的行进。在努尔哈赤以“十三副甲”起兵时，军队尚无成熟的建制，只得以“牛录”为单位编组军队。当然，这种十人小队的小规模编制明显不可能是一种常态。

当女真军队日益壮大后，牛录的编制也逐渐扩大。到了万历二十九年，牛录已经成为管理三百人的重要军事单元了。早期的女真部队，分为黄白红蓝4色旗，旗的基本单元就是由牛录组成。

不过，此时的牛录制还相当原始，只是一种单纯的军事组织模式。对于当时的女真人而言，他们虽然通过战争扩张了自己的势力，但势力内部各部落差异极为严重，有的居住在土地相对肥沃的地区，早已适应农耕生活，而有的却依然奔走于山林水泽之间，以渔猎为求生手段。

各部落间的联系极为松散，即使依靠武力聚合，他们也只能在顺风仗时发挥作用。一旦战事不利，各部落就会立刻乱做一团散沙。

为了统合各部落各势力，努尔哈赤将原先的牛录制改编为八旗制度。八旗即“正黄、镶黄、正白、镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝”八旗，由八位固山统领，旗下各领五甲喇，一甲喇又由五牛录组成。一牛录为三百人，也就是说，一旗有7500人。