万历四十六年清河城保卫战中，辽阳、沈阳、宽甸等地军队，面对正处于战火中的清河城畏葸不前，甚至有“中途而回”的。最后，只能坐视清河、抚顺城沦陷敌手。这样的闹剧在辽阳之战中再次出现，《明熹宗实录》记载：“辽阳之破，武臣奔溃，其以身殉者止文臣四五人耳”。

《实录》的说法虽有夸张，但此战中“三河、东胜、长静、长宁、长定、长安、长胜、黄骨岛、岫岩、青台屿等大小七十余城官民尽皆剃发归降”却是事实。

当然，士兵“不堪用命”不假，但将所有的罪责都归咎于他们显然也并不合适。对于一位明朝士兵而言，他所处的环境和氛围，往往并不能激发他“舍身保国”的意识。在研究明朝后期军费支出的时候，人们发现一个非常有意思的问题。

崇祯元年，崇祯曾经命户部尚书毕自严，清查除辽东镇外各边镇的军队限额和花费军饷。结果发现，从明朝建立之初到万历年间，再到崇祯朝，各镇的兵额不断降低，但军饷消耗却在逐渐攀升。

根据比例来看，崇祯时一名士兵的饷银，平均为3.3两，是万历时期的4倍有余。当然，这和辽东爆发女真之乱后，各地客兵入援，耗费颇多有关。这也是为何毕自严上书崇祯，称军费“头绪纷纷不可额数计也”的原因。

但对于普通士兵而言，有一个事实却也颇具讽刺意味。他们非但未能享受到高额粮饷，反而由于各层官吏的盘剥而日渐困窘。一些将领“生财有道”，利用粮饷发放前士兵青黄不接的间隙，放贷给士兵赚取月息。有时甚至“且指一作十，重复扣算。军兵明知而不敢抗。致有领饷数月，而实支不满数钱者”。面对这种情况，求告无门的士兵们往往只能持续背负欠债，沦为赤贫。

更为可怕的是，即使是这些经常被将领克扣、抢夺的缩水粮饷，到手的时间也并不确定。尤其是在苦寒偏远的辽东，就更是如此。辽东为大明防御女真之前沿，常年战火不断，粮食收成根本无法维系当地庞大的军事消耗。

为此，明朝不得不持续不断地从别地运输。然而即使是这样，限于不靠谱的古代交通水平，和同样令人窒息的运输规划能力，拖欠军粮的情况屡屡出现。这样的困境，直到孙承宗恢复“以辽土养辽人”政策才相对缓解一些。

除了士气、补给这类因素的影响外，明朝军队指挥系统的混乱同样也是导致战斗力衰落的原因之一。吴三桂之父吴襄曾在上报朝廷的奏本中申辩自己不听军令的原因：“臣之一身奉部剳则督臣参之以轻进，遵督臣而兵部加之以逗留。若以轻进被参，为是业既降级，则逗留不进为非”。