受限行和成本增加的影响，有些商船选择在运河入口卸下部分货物，经由陆路运到出口后再重新装船，因此增加不少运输成本。
同时，上述情况也将直接影响全球贸易。《环球时报》援引一位国际运输专家的观点称，预计巴拿马运河的限重措施将导致来往船只的运力削减40%。
据第一财经8月13日报道，一位美国货代业资深从业人士对记者表示，巴拿马运河主要是亚洲与美国墨西哥湾和东海岸港口的贸易通道，也有替代方式，比如走苏伊士运河，但是会慢一些，不过现在巴拿马运河因水位下降开始征收额外淡水附加费，也可能会成为一笔不菲费用，因此到底要怎么走货最经济合适，的确需要个案分析。
MarineTraffic北美地区负责人阿西克（Adil Ashiq）船长表示，“在好转之前，情况会变得更糟。”他解释称，船只必须等待更长的时间才能通过运河，或者海运承运商会作出采取替代路线的商业决定，这会增加航程的时间和燃料成本。托运人使用多艘船只来运输货物会增加货运成本，并确保延长预订的交货时间。
他说，最终这些成本可能会转嫁给企业和消费者。
物流成本上涨或推高
国际原材料市场价格
据海外网7月援引《华尔街日报》的一篇报道称，巴拿马运河运力下降将损害南北半球间的农产品贸易。来自厄瓜多尔的香蕉、巴西的肉类、智利的葡萄酒等原本都要通过巴拿马运河运往各地。
能源等大宗商品运输也可能受到影响。美国消费者新闻与商业频道称，巴拿马运河每年约26%的运输业务涉及液化石油气、液化天然气等。运输成本的增加，可能也会导致这些货物价格上涨。虽然能源运输船不受吃水限制新规影响，但水位下降、小型船只增加等因素导致的运河拥堵会影响运输效率。
