至于“存纪纲”则是就王安石压制谏官的不同意见而言。当时为了推行新法，王安石对那些胆敢弹劾自己的御史一律撤职。结果，台谏官员实际上已经成了宰执的附庸，无法履行维护“朝廷纪纲”的职能。苏轼认为为了避免谏言而压抑台谏，根本毫无道理。即便用强制手段达到“言无不同、意无不合”，万一有“小人”鱼目混珠在其间，君主将会因此无法做出准确的评判，于国则有大害。

如果说《上神宗皇帝书》还是对事不对人，那么一个月之后的《再上皇帝书》就堪称直接的人身攻击了。其言辞之激烈直让人瞠目结舌，几至无法相信是出自温文尔雅的苏轼手笔了。他不但进一步将“新法”贬低得一无是处（“今日之政，小用则小败，大用则大败，若力行而不已，则随之”），而且其行文之间虽未指名，然而天下谁人不知句句不离王安石其人。其中最末一段，苏轼竟将王安石比作魏晋之际的奸臣贾充，要求神宗将其罢免——“今天下贤者，亦将以此观陛下，为进退之决。”实事求是地说，这就颇有些“要挟”的味道了。

而在最末一篇《拟进士对御试策》里，苏轼继续猛攻王安石。先是痛陈变法之祸，再说王安石不知人善任。最后搬出了儒家经典《诗经》与《尚书》维护“祖宗成法”：“诗书所称，大略如此。未尝言天命不足畏，众言不足从，祖宗之法不足用也。”这不啻是在直接针对王安石之“三不足”，而吼出了反对变法的最强音。当时,苏轼在反对新法方面的确是以大胆敢言著称的。他通过上书、召见对议、作文、写诗等各种方式反对新法，制造了大量舆论。无怪乎司马光都会发出了“敢言不如苏轼”这般感慨了。只不过，连番上书以后，神宗仍旧无动于衷。

熙宁初年的大宋朝廷，围绕着王安石变法，展开了一场前所未有的大论战。一方是在宋神宗支持下的以王安石、吕惠卿为首领的变法改革派，一方是由苏轼与司马光、韩琦和张方平等元老大臣形成的反对派。双方的观点尖锐对立。在此党争激烈之际，已无调和折中的中间立场，唯非此即彼而已。在论战中，苏轼与司马光为代表的“保守派”站到了一起，实质上也起到了“保守派”的作用。不过，无论从他早年主张改革的文章，还是从日后变法失败后所说的公道话看，苏东坡都不应该简单地与“保守派”画上等号的。他一生都没有放弃自己在仁宗朝提出的“丰财”“强兵”“择吏”的革新主张。比如，苏轼虽然在《上神宗皇帝书》中对新法作了全面批评，但对“近日裁减皇族恩例”之类做法却作了肯定。因为这与自己“广取以给用，不如节用以廉取”的主张是相符合的。