此后中国进入军阀混战的五代十国，即便北宋建立之后，也未能将触角伸向这片区域。至公元13世纪，蒙古帝国的骤然崛起，席卷了欧亚大陆的大片地区，“七河地区”被成吉思汗分封给次子察合台，察合台汗国便囊括了这片区域，其都城正好设立在今伊犁霍城县。不过蒙古帝国也只是昙花一现，随着元朝被朱元璋驱逐回大漠，“七河地区”的主人几经周折变成卫拉特蒙古，也就是清朝时期准噶尔部的前身。

图-伊宁

此时在辽阔的草原上形成一个强势的国家-哈萨克汗国，其在与卫拉特蒙古的血战中夺走了“七河地区”，直到清朝初期卫拉特蒙古一直无可奈何。彼时的卫拉特蒙古分为四个部族，分别是杜尔伯特部、和硕特部、土尔扈特部和准噶尔部，初期又以准噶尔部实力最弱。转折出现在噶尔丹时期，他继承汗位之后，很快建立起准噶尔汗国。噶尔丹率领的蒙古铁骑一面在东边与康熙皇帝争雄天下，另一面还能在西边力压哈萨克汗国一头。

击败哈萨克汗国之后，准噶尔蒙古夺回了“七河地区”，同时将首都也设置在伊犁，尤其在噶尔丹之后，策妄阿拉布坦继承汗位，准噶尔汗国进入前所未有的全盛时期。此时的雍正皇帝无力西进，只能向策妄阿拉布坦做出妥协，双方约定以杭爱山为界，以东属大清，以西属准噶尔。与此同时，哈萨克汗国却在接连不断的打击之下分裂为大玉兹、中玉兹和小玉兹，三者均臣服于准噶尔。

不过随着沙皇俄国的远道而来，世界局势也在悄无声息地发生着变化，准噶尔汗国从战略上陷入清朝、沙俄和大玉兹的三面包围之中。策妄阿拉布坦去世之后，准噶尔部陷入无休止的内乱当中，清朝的乾隆皇帝抓住时机向天山南北用兵，沙俄和大玉兹也趁火打劫，最终清朝占据新疆大部，但最富庶的“七河地区”被大玉兹所获。此后清朝与哈萨克的交战互有胜负，但边界线大体维持在战前的样子。

进入晚清之后，清朝逐渐式微，沙俄则加速了对中亚的蚕食，公元1847年，沙俄吞并大玉兹，“半个七河地区”遂并入俄国版图。1864年清俄双方签订《中俄勘分西北界约记》，半个“七河地区”与中国无缘。